La minería ilegal avanza sobre reservas naturales, áreas de conservación y cuencas hídricas. Se han identificado casos de ecosistemas bajo amenaza en Arequipa, Puno, Huánuco, Loreto, Junín y Ucayali.

Varios informes, intervenciones fiscales y periodísticas, y monitoreos satelitales muestran que la presión de esta actividad ilegal golpea estas áreas frágiles.
Sucede en la Reserva Paisajística Subcuenca del Cotahuasi, en Arequipa. En los últimos años, la Fiscalía Especializada en Materia Ambiental (FEMA) realizó operativos contra campamentos y bocaminas dentro del área natural protegida. Según reportes oficiales, esa actividad obligó intervenciones a minería ilegal de socavón instalada en sectores de la reserva, que ponen en riesgo ecosistemas altoandinos y recursos hídricos.

En Puno, La Rinconada continúa operando uno de los más grandes enclaves de minería ilegal. Miles de mineros extraen oro en condiciones precarias, mientras las autoridades tienen dificultades para controlar una actividad que contamina, explota a obreros y se vincula con el crimen. Aunque la actividad se hace fuera de un área natural protegida específica, su impacto alcanza cabeceras de cuenca y ecosistemas de montaña.

La Reserva Comunal El Sira, ubicada entre Huánuco, Ucayali y Pasco, es una de las áreas protegidas con mucha presencia de mineros ilegales. Dentro de la reserva y su zona de amortiguamiento se desarrollan actividades aluviales y operaciones clandestinas. No solo hay minería ilegal de oro; también cultivos ilícitos, tala ilegal e invasión de bosques en territorios indígenas amazónicos.

La Área de Conservación Privada Panguana, en Huánuco, también enfrenta actividades mineras ilegales. En la zona, reconocida por su biodiversidad amazónica, hubo intervenciones fiscales y alertas de organizaciones ambientales. Esa minería afecta el bosque y genera conflictos sociales y amenazas a quienes denuncian la destrucción ambiental.

En Loreto, el Área de Conservación Regional Alto Nanay–Pintuyacu–Chambira se convirtió en uno de los principales focos de minería ilegal fluvial. Ahí detectaron infraestructuras mineras y dragas en la cuenca del Nanay, fuente de agua para la ciudad de Iquitos. Las autoridades realizaron operativos para destruir embarcaciones y maquinaria usada para extraer oro ilegal. A pesar de estos esfuerzos y los graves impactos evidentes, otras autoridades habrían admitido a trámite la solicitud de concesiones mineras sobre el río Nanay, una decisión incoherente con los esfuerzos por frenar la minería ilegal, que desconoce el daño ambiental ya existente en la zona y contraviene disposiciones normativas vigentes que prohíben el otorgamiento de concesiones en esta área.

Además de los casos críticos, existen territorios donde la presión minera aumenta y preocupa. El Parque Nacional Yaguas, en Loreto, es un área amazónica vulnerable a la minería aurífera aluvial. Informes oficiales incluyen a Yaguas como un territorio afectado por minería ilegal.

En Junín, el Área de Conservación Regional Huaytapallana enfrenta la misma presión en zonas cercanas al ecosistema glaciar. El Gobierno Regional de Junín anunció que pedirá al Ministerio de Energía y Minas la exclusión de ocho registros mineros (Reinfo) sobre la microcuenca del río Yurayacu. Preocupación los posibles impactos a las fuentes de agua que abastecen al valle de la zona.

Se sabe que la expansión de la minería ilegal ya alcanza a áreas naturales protegidas y zonas de amortiguamiento en distintas regiones, y que amenaza bosques y ríos, territorios indígenas y valiosos ecosistemas del Perú. Sin embargo, las autoridades hacen poco para enfrentarla.